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1. 광학현미경
1)명시야 현미경(bright field microscope): 0.15㎛의 해상력, 균의 존재나 외부형태를 간찰 가능
2)암시야 현미경(dark field microscope):배경은 검게 보이고 피검체만 밝게 보임 진핵세포는 소기관까지 관찰 가능. 염색하지 않은 살아 있는 나선균과 기생충 확인 시 유용
3)위상차 현미경(phase-contrast microscope): 미생물의 운동성이나 살아 있는 세포의 형체를 관찰하기가 용이.
4)차등간섭대비현미경(differential interference contrast microscope; DICM): 살아 있는 세포는 염색하지 않아도 입체 영상으로 밝게 나타남 세포벽, 내생포자와 세포 내 입자, 액포와 진핵세포의 핵이 선명하게 관찰됨
5)형광현미경: 항체를 이용하여 형광물질로 염색하며 시료가 직접 빛을 발하는 경우에도 관찰 가능

2. 전자 현미경
1)투과전자현미경(TEM): 0.5nm 떨어진 두 점을 구별 가능 밀도가 높은 부분은 어둡게 나타남
2)주사전자현미경(SEM): 미생물의 표면을 상세히 관찰하고 싶을 때, 입체 영상으로 나타남 금속박막을 입힘

3. 새로운 현미경
1)공초점 현미경(confocal scanning laser microscope, CSLM): 시료를 형광물질로 염색하여 관찰, 세포 구조 및 생물막과 같은 복잡한 시료의 고분해능 3차원 영상을 얻을 수 있
2)주사탐침 현미경(Scanning probe microscope, SPM): 완전 작은 거 보는 거 가능 단백질 사이의 상호작용에 대한 연구, 제한효소의 위치결정, 세균이나 세포의 행동 추적등에 사용